Đề án Tổng thể phát triển ngành NTTS trên địa bàn tỉnh giai đoạn 2021 - 2025, định hướng đến năm 2030 (Đề án) được Sở Nông nghiệp và PTNT triển khai thực hiện các bước theo quy định, đến nay nội dung Đề án đã được lấy ý kiến của các sở, ban, ngành, địa phương liên quan; cộng đồng dân cư nơi thực hiện Đề án; thực hiện phản biện xã hội và được Hội đồng thẩm định thông qua trước khi trình UBND tỉnh xem xét phê duyệt.
Theo Đề án, diện tích NTTS của tỉnh sẽ giảm trong giai đoạn 2024 - 2030, trong đó 3 địa phương NTTS trọng điểm là thị xã Sông Cầu, huyện Tuy An và thị xã Đông Hòa đều giảm. Số lượng lồng bè NTTS trong các đầm, vịnh sẽ giảm đáng kể giai đoạn 2024 - 2025 để giao lại mặt nước cho các ngành kinh tế khác. Tuy nhiên, sẽ mở rộng quy mô nuôi lồng, bè ở khu vực ven bờ (phía ngoài đầm, vịnh) theo quy định và khai thác mặt nước hồ chứa, hồ thủy điện để nuôi lồng bè.
Cụ thể, đến năm 2025: Tổng diện tích nuôi trồng thủy sản của tỉnh đạt 4.639 ha, trong đó nuôi nước lợ đạt 1.864 ha, chiếm 38,8% tổng diện tích NTTS của tỉnh; nuôi nước ngọt đạt 77 ha nằm rải rác ở các huyện phía Tây của tỉnh; nuôi trên biển, đầm, vịnh đạt 2.689 ha (trong đó TX. Sông Cầu là 2.380 ha và huyện Tuy An là 318 ha). Tổng thể tích lồng nuôi là 1.302.825m3 lồng; tổng diện tích giàn/bè nuôi biển là 600.000 m2.
Đến năm 2030, tổng diện tích NTTS của tỉnh đạt 3.906 ha, trong đó nuôi nước lợ đạt 1.131 ha, chiếm trên 28,9% tổng diện tích NTTS của tỉnh; nuôi nước ngọt ổn định 77 ha nằm xen kẽ, rải rác ở các huyện trong tỉnh; nuôi trên biển, đầm, vịnh duy trì 2.698 ha. Tổng thể tích lồng nuôi là 1.356.825 m3 lồng; tổng diện tích giàn/bè nuôi biển 600.000 m2.

Đề án hướng tới mục tiêu chung là phát triển NTTS trên tất cả loại hình mặt nước mặn, lợ và ngọt theo hướng đa dạng hóa đối tượng, loại hình nuôi, phù hợp với đặc điểm tự nhiên và kinh tế xã hội của từng khu vực, để tạo sản phẩm hàng hóa có giá trị cao và đóng góp lớn trong khối nông - lâm - ngư nghiệp của tỉnh. Phát triển sản xuất gắn với đầu tư cơ sở hạ tầng đồng bộ và ứng dụng khoa học, công nghệ mới, tiên tiến vào quản lý và sản xuất để nâng cao năng suất, sản lượng và chất lượng sản phẩm, đồng thời kiểm soát được các rủi ro về dịch bệnh, ô nhiễm môi trường, thị trường tiêu thụ và tác động của biến đổi khí hậu. Tạo công ăn việc làm có thu nhập ổn định và nâng cao đời sống cho cộng đồng ngư dân.
Thảo luận tại cuộc họp, các đại biểu cơ bản thống nhất nội dung của Đề án. Đề án này đã đáp ứng được các yêu cầu về nội dung theo Đề cương nhiệm vụ được duyệt; các mục tiêu, chỉ tiêu chủ yếu, định hướng của Đề án phù hợp với Quy hoạch không gian biển quốc gia; Quy hoạch tỉnh Phú Yên thời kỳ 2021- 2030, tầm nhìn đến năm 2050...
Phát biểu kết luận cuộc họp, Chủ tịch UBND tỉnh Tạ Anh Tuấn đánh giá cao đơn vị tư vấn đã nghiên cứu kỹ lưỡng và hoàn chỉnh nội dung Đề án với sự phối hợp chặt chẽ của Sở Nông nghiệp và PTNT. Nhấn mạnh tầm quan trọng của Đề án đối với sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh, đồng chí Chủ tịch UBND tỉnh cho rằng, Đề án sẽ giúp giải quyết các vấn đề xung đột giữa các ngành, lĩnh vực; xử lý những tác động của biến đổi khí hậu, môi trường NTTS; đảm bảo các quy hoạch khác… Khi Đề án được phê duyệt, các sở, ngành, địa phương và các đơn vị liên quan cần nâng cao tinh thần trách nhiệm, nêu cao sự quyết tâm, tổ chức triển khai thực hiện đảm bảo hiệu quả; trong đó lưu ý một số nhiệm vụ cần phải giải quyết theo từng bước, nhất là trong việc sắp xếp lại khu vực NTTS, tránh xung đột giữa lợi ích của người dân và lợi ích Đề án mang lại. Cần tăng cường truyền thông để người dân hiểu và đồng thuận trong quá trình triển khai thực hiện.